さまざまなメリットからドッグフードをローテーションする事が推奨されていますが、もちろんデメリットもあります。
ドッグフードをローテンションする場合、メリットとデメリットを理解した上で健康に害が出ないように注意する必要があります。

メリット

アレルギーの低減

フードをローテーションするメリットで一番有名なのがアレルギーの低減です。
特定の食材を食べ続けるよりも複数の食材を少しずつ摂取する方が食物アレルギーが起こりにくいとされています。
フードのローテーションを行っているほとんどの方がこの理由からローテーションしているのではないでしょうか。

栄養バランス

フードをローテーションするメリットには、栄養バランスがあります。
フードの種類を変えたらもちろん原材料も変わります。
さまざまな食材を食べる事が出来るため、それぞれの素材の持つ栄養を摂取する事が出来るのもメリットの一つです。

食べ飽きない

特に小型犬に多いのが、このフードの飽きです。
同じフードばかりでは犬も飽きてしまい、食べなくなる場合があります。
この場合フードの種類を変更してあげる事で継続してフードを食べてくれるようになります。

デメリット

アレルギーの特定が困難

フードをローテーションする最大のデメリットはアレルギーの特定が困難な事です。
アレルギーが起こりにくいからとローテーションしているのに、いざアレルギーが発症した場合どの成分がアレルギー物質（アレルゲン）なのか特定できないのです。
食べてすぐに反応が起こる場合と時間が経ってから反応が起こる場合とがありますので、アレルゲンの特定は難しくなります。

フードの酸化

フードをローテーションする上で気をつけたいのが、このフードの酸化です。
フードは基本的に1ヶ月ほどで消費するのが理想とされており、これ以上長くなるとフードに含まれる脂肪分などが酸化し体に有害な作用をもたらす場合があります。
フードを使い切る前にローテンションしてしまうと、フードを1ヶ月で使い切るのが困難になるため大変危険な状態になります。

体の負担

フードを切り替える際に、以前に食べていたフードに混ぜて徐々に割合を増やしていく必要があります。
これはフードを変更する事により含有栄養素や添加物が変わり、消化器に負担がかかり嘔吐や下痢が起こる場合があるからです。
つまり犬の体はフードの変更に弱いという事ですので、頻繁に変更するのは体に負担がかかってしまいます。

[出典]
犬種や月齢によって変わるドッグフードの種類
http://www.mikidog.jp/1.html
ドッグフードを変更したいと考えた場合
http://www.motorworks.jp/hennkou.html
ドッグフードのローテーションは必要？
http://www.new-page.com/rotation.html
ドッグフードの変更に関して
http://www.ryouzanpaku.jp/hennkounikannsite.html
ドッグフード選びにおける注意点
http://dogsroom.material.jp/d11.html